Το ενδοκρινικό σύστημα προσβάλλεται από αρκετές αυτοάνοσες παθήσεις, κάθε μία εκ των οποίων έχει διαφορετικό αντίκτυπο και σοβαρότητα, αναλόγως με τα όργανα που εμπλέκονται.
Το ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα είναι ένα πολύπλοκο δίκτυο διαλυτών παραγόντων και εξειδικευμένων κυττάρων που λειτουργώντας συνεργικά με γενετικούς παράγοντες και περιβαλλοντικά ερεθίσματα, στοχεύει στη διατήρηση της καλής υγείας και της μακροζωίας.